تنظیم بیان ژن – گفتار سوم جریان اطلاعات در سلول

‫در سال گذشته آموختید که همه یاخته‌های پیکری بدن از تقسیم رشتمان (میتوز) یاخته تخم منشاً می‌گیرند. یاخته‌های حاصل، از نظر فا‌م‌تنی و ژن‌ها یکسان‌اند. با این حال در ادامه تقسیمات و رشد جنین، یاخته‌های متفاوتی ایجاد می‌شوند که اعمال مختلفی انجام می‌دهند: مثلا یاخته‌های عصبی و ماهیچه‌ای بدن یک فرد، ژن‌های یکسانی دارند ولی دارای عملکرد و شکل متفاوتی هستند. حال این سوال مطرح می‌شود که چگونه ممکن است یاخته‌هایی با ژن‌های یکسان تا این حد متفاوت باشند؟

پاسخ این است که در هر یاخته تنها تعدادی از ژن‌ها فعال و سایر ژن‌ها غیرفعال هستند. هرگاه اطلاعات ژنی در یک یاخته مورد استفاده قرار بگیرد، می‌گوییم آن ژن بیان شده و به اصطلاح روشن است و ژنی که مورد استفاده قرار نمی‌گیرد خاموش و به اصطلاح بیان نشده است.

مقدار، بازه و زمان استفاده از ژن دریاخته‌های مختلف یک جاندار ممکن است فرق داشته باشد و حتی در یک یاخته هم بسته به نیاز متفاوت باشد. به فرایندهایی که تعیین می‌کنند در چه هنگام، به چه مقدار وکدام ژن‌ها بیان شوند و یا بیان نشوند، فرایندهای تنظیم بیان ژن می‌گویند.

تنظیم بیان ژن فرایندی بسیاردقیق و پیچیده است و عوامل متعددی ممکن است بر آن اثر بگذارند. تنظیم بیان ژن موجب می‌شود تا جاندار به تغییرات پاسخ دهد، مثلا در گیاه، نور می‌تواند باعث فعال شدن ژن سازنده آنزیمی شود که در فتوسنتز مورد استفاده قرار می‌گیرد. در نبود نور این ژن بیان نمی‌شود. همچنین تنظیم بیان ژن می‌تواند موجب ایجاد یاخته‌های مختلفی ازیک یاخته شود. یاخته‌های متفاوتی که ازیاخته‌های بنیادی مغز استخوان ایجاد می‌شوند، مثالی مناسب در این مورد هستند. در مورد این یاخته‌ها درکتاب دهم مطالبی را فرا گرفتید. آیا می‌توانید برخی یاخته‌های حاصل از یاخته‌های بنیادی مغز استخوان را نام ببرید؟

تنظیم بیان ژن در پروکاریوت‌ها

‫محصول ژن، رنا و پروتئین است. بنابراین، تغییر در فعالیت ژن‌ها، بر ساخت این محصولات نیز اثر می‌گذارد. تنظیم بیان ژن درپروکاریوت‌ها می‌تواند در هر یک از مراحل ساخت رنا وپروتئین تاثیر بگذارد ولی به طور معمول تنظیم بیان ژن در مرحله رونویسی انجام می‌شود. در مواردی هم ممکن است یاخته با تغییر درپایداری (طول عمر) رنا یا پروتئین، فعالیت آن را تنظیم کند.

‫تنظیم رونویسی در پروکاریوت‌ها

‫دراین نوع تنظیم عواملی به پیوستن رنابسپاراز به توالی راه‌انداز کمک و یا مانع حرکت رنا بسپاراز می‌شوند. در نتیجه، رونویسی ژن تسهیل یا ممانعت می‌شود مثلاً با اتصال پروتئین‌های خاصی به بخشی از دنا که سر راه رنابسپاراز است، از انجام رونویسی جلوگیری می‌شود. نمونه این نوع تنظیم، در نوعی باکتری به نام اشرشیا کلای شناخته شده است. قند مصرفی ترجیحی این باکتری گلوکز است.

‫اگر گلوکز در محیط باکتری وجود نداشته باشد ولی قند دیگری به نام لاکتوز دراختیار باکتری قرار بگیرد، باکتری می‌تواند از این قند استفاده کند. این قند متفاوت از گلوکز بوده است و آنزیم‌های لازم برای مصرف آن نیز متفاوت است.

بنابراین وقتی لاکتوز در محیط وجود دارد باکتری باید آنزیم‌های تجزیه‌کننده آن را بسازد و در نبود یا کاهش لاکتوز نیز ساخت آنزیم‌های تجزیه کننده آن متوقف یا کاهش پیدا کند. حال این پرسش پیش می‌آید که باکتری چگونه می‌تواند حضور لا کتوز را در محیط تشخیص دهد و آنزیم‌های تجزیه کننده آن را بسازد؟ ژن‌هایی که این آنزیم‌ها را می‌سازند چگونه روشن ویا خاموش می‌شوند؟ درپروکاریوت‌ها بیان ژن به دو صورت منفی و مثبت تنظیم می‌شود.

در واقعیت، E. coli همیشه در استخری از گلوکز شنا نمی‌کند. او در روده با کمبودِ منابع مواجه است و باید با باکتری‌های دیگر بجنگد. توانایی او در «تغییر سریع رژیم غذایی» (یعنی سوییچ کردن از یک قند به قند دیگر) همان مزیتی است که باعث شده بتواند میلیون‌ها سال در روده پستانداران دوام بیاورد.

‫تنظیم منفی رونویسی

در گفتار ۱ آموختید که رونویسی با چسبیدن رنابسپاراز به راه‌انداز مربوط به ژن شروع می‌شود. حال اگر مانعی بر سر راه رنابسپاراز وجود داشته باشد، رونویسی انجام نمی‌شود. به این نوع تنظیم، تنظیم منفی رونویسی گفته می‌شود. مانع پیش روی رنابسپاراز نوعی پروتئین به نام مهارکننده است. این پروتئین به توالی خاصی از دنا به نام اپراتور متصل می‌شود و جلوی حرکت رنابسپاراز را می‌گیرد. لاکتوز موجود در محیط به باکتری وارد می‌شود و با اتصال به مهارکننده، شکل آن را تغییر می‌دهد. تغییر شکل مهارکننده، آن را از اپراتور جدا می‌کند و نیز مانع از اتصال آن به اپراتور می‌شود. با برداشته شدن مانع سر راه، رنابسپاراز می‌تواند رونویسی ژن‌ها را انجام دهد. محصولات این ژن‌ها تجزیه لاکتوز را ممکن می‌کند.

با توجه به تنظیم منفی رونویسی

الف. بخش تنظیمی ژن‌ها در آنزیم تجزیه لاکتوز از چه بخش‌هایی تشکیل شده است؟

بخش تنظیمی این ژن از راه انداز و اپراتور تشکیل شده است.

ب. آیا شروع مرحله آغاز رونویسی از ژن آنزیم تجزیه کننده لاکتوز وابسته به عدم حضور لاکتوز است؟

آغاز رونویسی از این ژن وابسته به عدم حضور گلوکز نیست. دقت کنید که حتی در حضور گلوکز نیز رنابسپاراز می‌تواند به توالی راه‌انداز متصل شود که خود به معنی «شروع مرحله آغاز رونویسی‌» است.

پ. لاکتوز چگونه باعث تغییر شکل مهارکننده می‌شود؟

لاکتوز با تاثیر بر پیوندهای شیمیایی مهارکننده باعث تغییر شکل آن می‌شود.

ت. آیا نتیجه ترجمه ژن‌های مربوط به تجزیه لاکتوز تولید یک نوع پلی‌پپتید است؟

خیر. این توالی از سه ژن تشکیل شده‌اند و در نتیجه سه پلی‌پپتید متفاوت تولید می‌شود.

پ. آیا بیان ژن مهارکننده در تنظیم منفی رونویسی، وابسته به حضور گلوکز است؟

بیان ژن مهارکننده ربطی به حضور یا عدم حضور ژن ندارد.

ت. آیا به ازای هر ژن در باکتری یک راه‌انداز وجود دارد؟

خیر. مثلا در باکتری سه ژن مربوط به تجزیه لاکتوز وجود دارد ولی هر سه ژن یک راه‌انداز دارند.

ث. در ژن‌های مربوط به رونویسی از لاکتوز چند توالی پایان رونویسی وجود دارد؟

در این ژن‌ها یک توالی پایان وجود دارد که مربوط به دورترین ژن از راه‌انداز است.

ج. در رنای رونویسی شده از ژن‌های مربوط به تجزیه لاکتوز، چند کدون آغاز و چند کدون پایان قرار دارد؟

چون سه ژن وجود دارد و سه نوع پلی‌پپتید تولید می‌شود پس سه کدون آغاز و سه کدون پایان در این رنای چند ژنی وجود دارد.

چ. توالی اپراتور بعد از راه‌انداز قرار دارند یا قبل از آن؟

توالی اپراتور بعد از راه‌انداز قرار دارند.

‫تنظیم مثبت رونویسی

در این نوع تنظیم، پروتئین‌های خاصی به رنابسپاراز کمک می‌کنند تا بتواند به راه‌انداز متصل شود و رونویسی را شروع کند. مثال این نوع تنظیم نیز در باکتری اشرشیاکلای وجود دارد. مشخص شده که اگر در محیط باکتری، قند مالتوز وجود داشته باشد، درون باکتری آنزیم‌هایی ساخته می‌شوند که در تجزیه آن دخالت دارند. در عدم حضور مالتوز این آنزیم‌ها ساخته نمی‌شوند چون باکتری نیازی به آن‌ها ندارد.

‫تنظیم رونویسی در مورد این ژن‌ها به صورت مثبت انجام می‌شود. در حضور قند مالتوز، انواعی از پروتین به نام فعال‌کننده وجود دارند که به توالی‌های خاصی ازدنا متصل می‌شوند. به این توالی‌ها جایگاه اتصال فعال‌کننده گفته می‌شود. در حضور مالتوز در محیط، پروتئین فعال‌کننده به جایگاه خود متصل می‌شود وپس از اتصال به رنابسپاراز کمک می‌کند تا به راه‌انداز متصل شود و رونویسی را شروع کند. چه عاملی سبب می‌شودکه فعال‌کننده به جایگاه خود بچسبد؟ این عامل مالتوز است. اتصال مالتوز به فعال‌کننده باعث پیوستن آن به جایگاه اتصال شده و رونویسی شروع می‌شود.

با توجه به تنظیم مثبت رونویسی

الف. محل اتصال مالتوز به پروتئین فعال‌کننده را با محل اتصال لاکتوز به پروتئین مهارکننده بررسی کنید.

مالتوز به بخش کناری فعال‌کننده متصل می‌شود. لاکتوز به بخش پایینی مهارکننده متصل می‌شود.

ب. تفاوت شروع مرحله آغاز در رونویسی از ژن‌های تجزیه مالتوز و لاکتوز را بیان کنید.

در بیان ژن تجزیه مالتوز رونویسی بعد از اتصال مالتوز به فعال‌کننده شروع می‌شود. در بیان ژن تجزیه لاکتوز رونویسی قبل از اتصال لاکتوز به مهارکننده آغاز می‌شود.

‫تنظیم بیان ژن در یوکاریوت‌ها

‫تنظیم بیان ژن در یوکاریوت‌ها پیچیده‌تر از پروکاریوت‌هاست و می‌تواند در مراحل بیشتری انجام شود. یاخته‌های یوکاریوتی به وسیله غشاها به بخش‌های مختلفی تقسیم شده‌اند. بنابراین، برای آنکه یاخته نسبت به یک ماده واکنش نشان دهد، آن ماده باید به طریقی از غشاها عبورکند و ژن‌ها را تحت تاثیر قرار دهد. در یاخته‌های یوکاریوتی، بیشتر ژن‌ها در هسته و برخی درراکیزه‌ها ودیسه‌ها قرار دارند. در هر یک از این محل‌ها، یاخته می‌تواند بر بیان ژن نظارت داشته باشد. بنابراین تنظیم بیان ژن می‌تواند در مراحل متعددی انجام شود.

‫تنظیم بیان ژن در مرحله رونویسی: در یوکاریوت‌ها نیز مانند پروکاریوت‌ها، رونویسی با پیوستن رنابسپاراز به راه‌انداز آغاز می‌شود. در یوکاریوت‌ها رنابسپاراز نمی‌تواند به تنهایی راه‌انداز را شناسایی کند و برای پیوستن به آن نیازمند پروتئین‌هایی به نام عوامل رونویسی هستند. گروهی از این پروتئین‌ها با اتصال به نواحی خاصی از راه‌انداز، رنابسپاراز را به محل راه‌انداز هدایت می‌کند، چون تمایل پیوستن این پروتئین‌ها به راه‌انداز در اثر عواملی تغییر می‌کنند، مقدار رونویسی ژن آن هم تغییر می‌کند.

‫در یوکاریوت‌ها ممکن است عوامل رونویسی دیگری به بخش‌های خاصی از دنا به نام توالی افزاینده متصل شوند. با پیوستن این پروتئین‌ها به توالی افزاینده و با ایجاد خمیدگی در دنا، عوامل رونویسی در کنار هم قرار می‌گیرند. کنار هم قرارگیری این عوامل، سرعت رونویسی را افزایش می‌دهند. توالی‌های افزاینده متفاوت از راه‌انداز هستند و ممکن است در فاصله دوری از ژن قرار داشته باشند. اتصال این پروتئین‌ها بر سرعت و مقدار رونویسی ژن موثر است.

‫تنظیم بیان ژن در مراحل غیر رونویسی: دریوکاریوت‌ها تنظیم بیان ژن می‌تواند پیش از رونویسی یا پس از آن هم انجام شود. اتصال بعضی رناهای کوچک مکمل به رنای پیک مثالی از تنظیم بیان ژن پس از رونویسی است. با اتصال این رناها، ازکار رناتن جلوگیری می‌شود. در نتیجه، عمل ترجمه متوقف و رنای ساخته شده پس از مدتی تجزیه می‌شود.

‫روش تنظیم دیگر در سطح فام‌تنی است. به طور معمول بخش‌های فشرده فام‌تن کمتر در دسترس رنابسپارازها قرار می‌گیرند بنابراین یاخته می‌تواند با تغییر در میزان فشردگی فامتن دربخش‌های خاصی، دسترسی رنابسپاراز را به ژن مورد نظر تنظیم کند. به نظر شما این تنظیم بیان ژن پیش از رونویسی است با پس از آن؟

‫ ازروش‌های دیگر تنظیم بیان ژن طول عمر رنای پیک است. افزایش طول عمر رنای پیک موجب افزایش محصول می‌شود. این فرایندها در میزان پروتئین‌سازی موثر خواهند بود. شیوه‌های دیگری نیز درتنظیم بیان ژن موثرند که نحوه عمل بسیاری از آن‌ها ناشناخته است.

با توجه به تنظیم بیان ژن در یوکاریوت‌ها

الف. عوامل متصل به راه‌انداز (بزرگتر – کوچکر) از عوامل متصل به توالی افزاینده هستند.

عوامل متصل به راه‌انداز کوچکتر از عوامل متصل به توالی افزاینده هستند.

ب. از بین عوامل رونویسی متصل به راه‌انداز و عوامل متصل به افزاینده کدام‌یک برای رونویسی الزامی‌ست؟

عوامل رونویسی متصل به راه‌انداز برای رونویسی الزامی‌ست اما عوامل متصل به افزاینده الزامی نیستند.

پ. راه‌انداز بلندتر است یا توالی افزاینده؟

راه‌انداز از توالی افزاینده بلندتر است.

ت. کدام‌یک بر دیگری مقدم است؟

۱-اتصال عوامل رونویسی به راه انداز

۲-اتصال عوامل رونویسی به افزاینده

ابتدا عوامل رونویسی به بخش‌های ویژه‌ای از راه‌انداز متصل می‌شوند و سپس عوامل رونویسی بعدی توالی افزایش را به سمت راه‌نداز خم می‌کند.

ث. سه نوع تشکیل پیوند هیدروژنی بین نوکلئوتیدهای دارای قند ریبوز دیده می‌شود. آن‌ها را بیان کنید.

پیوند هیدروژنی رنای پیک و رناهای کوچک.

پیوند هیدروژنی درون رنای ناقل.

در فرایند ترجمه بین رنای ناقل و رنای پیک.