دسته: دوازدهم

  • تنظیم بیان ژن – گفتار سوم جریان اطلاعات در سلول

    تنظیم بیان ژن در یوکاریوت‌ها

    تنظیم بیان در یوکاریوت‌ها می‌تواند پیش از رونویسی هم انجام شود. درواقع در محل‌هایی که قرار است رونویسی انجام نشود فشردگی کروموزوم بیشتر می‌شود. این موضوع باعث می‌شود که رنابسپاراز (آنزیم) به ژن (پیش‌ماده) دسترسی نداشته و رونویسی انجام نشود. این نوع تنظیم بیان ژن در یوکاریوت‌ها وجود ندارد.

    اگر گلوکز در محیط نباشد اشرشیا کلای به سراغ روشن کردن اپران می‌رود. این موضوع باعث می‌شود لاکتوز تجزیه شود و گلوکز در سیتوپلاسم سلول به وجود بیاید. پس هم در زمانی که اپران روشن است و هم در زمانی که اپران خاموش است گلوکز در سیتوپلاسم دیده می‌شود. گلوکز سپس برای مصرف سلول تجزیه می‌شود، پس ژن آنزیم تجزیه‌کننده گلوکز بیان می‌شود.

    بخش تنظیمی اپران از راه انداز و اپراتور تشکیل شده است.

    آغاز رونویسی از ژن اپران وابسته به حضور گلوکز نیست.

    لاکتوز با تاثیر بر پیوندهای شیمیایی مهارکننده باعث تغییر شکل آن می‌شود.

    در ساختار تسبیح مانند ممکن است پلی پپتید ساخته شده یکسان نباشد.

    بیان ژن مهارکننده ربطی به حضور یا عدم حضور ژن ندارد.

    مالتوز به بخش کناری فعال‌کننده متصل می‌شود. لاکتوز به بخش پایینی مهارکننده متصل می‌شود.

    در بیان ژن تجزیه مالتوز رونویسی بعد از اتصال مالتوز به فعال‌کننده شروع می‌شود. در بیان ژن تجزیه لاکتوز رونویسی قبل از اتصال لاکتوز به مهارکننده آغاز می‌شود.

    عوامل رونویسی در پروکاریوت‌ها وجود ندارد.

    باکتری یک غشا دارد. غشاها ندارد.

    کنکور ۹۴ – هر ژن توالی افزاینده دارد.

    عوامل متصل به راه‌انداز کوچکتر از عوامل متصل به توالی افزاینده هستند.

    عوامل رونویسی متصل به راه‌انداز برای رونویسی الزامی‌ست اما عوامل متصل به افزاینده الزامی نیستند.

    راه‌انداز از توالی افزاینده بلندتر است.

    ابتدا عوامل رونویسی به بخش‌های ویژه‌ای از راه‌انداز متصل می‌شوند و سپس عوامل رونویسی بعدی توالی افزایش را به سمت راه‌نداز خم می‌کند.

    ما سه نوع تشکیل پیوند هیدروژنی بین نوکلئوتیدهای دارای قند ریبوز می‌بینیم:

    پیوند هیدروژنی رنای پیک و رناهای کوچک.
    پیوند هیدروژنی درون رنای ناقل.
    در فرایند ترجمه بین رنای ناقل و رنای پیک.

    اتصال بین رنای پیک و رناهای کوچک در سیتوپلاسم انجام می‌شود.

    در متافاز و آنافاز فشردگی دنا بیشتر است و کار آنزیم‌ها برای رونویسی سخت‌تر است.

  • پروتئین – گفتار دوم جریان اطلاعات در سلول

    مولکول‌های مرتبط با ژن: رنا، دنا و پروتئین.

    اگزون‌هایی که بعد از توالی پایان قرار دارند ترجمه نمی‌شوند.

    کدون پایان همواره کدون پایان است. اما هر AUGای لزوما کدون آغاز نیست.

    انرژی لازم برای ترجمه از مولکول‌های مانند ATP به دست می‌آید.

    TRNA دوبعدی غیرفعال است.

    در تمام TRNAها محل اتصال آمینواسید یکسان است.

    تعداد نوکلئوتیدهای حلقه‌های جانبی یکسان است و آن‌ها با حلقه دیگر متفاوت هستند.

    در ساختار نهایی TRNA می‌تواند نوکلئوتیدهای غیرمکمل روبه‌رو هم قرار بگیرند. دقت کنید این نوکلئوتیدها پیوند هیدروژنی تشکیل نمی‌دهند.

    ابتدا TRNA به آنزیم متصل می‌شود و سپس آمینواسید.

    پروتئین در هنگام اتصال به TRNA از قسمت کربوکسیل متصل می‌شود. TRNA هم از قسمت OH و قندی خود به پروتئین متصل می‌شود.

    بیشتر از سه نوکلئوتید TRNA در جایگاه ریبوزوم قرار می‌گیرد.

    زیرواحد بزرگ بیش از سه توالی دارای سه زیرواحد نوکلئوتیدی را در بر گرفته است.

    توالی قبل از کدون اغاز می‌تواند در جایگاه قرار بگیرد اما ترجمه نمی‌شود. این توالی می‌تواند UAA باشد.

    بعد از اینکه کدون آغاز در جایگاه دوم قرار گرفت، کدون بعدی وارد جایگاه اول می‌شود. در این نقطه ما هنوز در مرحله آغاز هستیم. دقت کنید رمز شدن این کدون در مرحله طویل شدن رخ می‌دهد.

    در مرحله دوم ابتدا پیوند هیدروژنی در جایگاه A شکل می‌گیرد. سپس پیوند اشتراکی امینواسید و TRNA می‌شکند و آمینواسید با پیوند پپتیدی به آمینواسید متیونین می‌چسبد. با تشکیل پیوند پپتیدی ریبوزوم حرکت می‌کند و TRNA بدون آمینواسید وارد جایگاه E شده و از ان خارج می‌شود. این مراحل بارها و بارها تکرار می‌شود.

    ابتدا TRNA بدون آمینواسید از ریبوزوم جدا می‌شود و سپس TRNA بعدی وارد جایگاه می‌شود.

    عوامل آزادکننده چند پروتئین هستند. اما برای هر کدون پایان یک عامل پایان به جایگاه A می‌شود. این اتصال فاقد پیوند است و صرفا یک اتصال فیزیکی‌ست.

    مقایسه آغاز رونویسی و آغاز ترجمه

    وضعیت پیوندآغاز رونویسیآغاز ترجمه
    شکست هیدروژنیبین دو نوکلئوتید با قند دئوکسی ریبوزنداریم
    شکست اشتراکیپیوند بین فسفات نوکلئوتید با قند ریبوزنداریم
    تشکیل هیدروژنیبین دو نوکلئوتید با قند متفاوت بین دو نوکلئوتید با قند یکسان
    تشکیل اشتراکیبین دو نوکلئوتید با قند ریبوزنداریم

    مقایسه طویل شدن رونویسی و ترجمه

    وضعیت پیوندطویل شدن رونویسیطویل شدن ترجمه
    شکست هیدروژنیبین دو نوکلئوتید با قند دئوکسی‌ریبوز- بین دو نوکلئوتید با قند متفاوتدر جایگاه E – بین دو نوکلئوتید با قند ریبوز
    شکست اشتراکیپیوند بین فسفات نوکلئوتید با قند ریبوزدر جایگاه P – بین نوکلئوتید و آمینواسید
    تشکیل هیدروژنیبین دو نوکلئوتید با قند دئوکسی‌ریبوز – بین دو نوکلئوتید با قند متفاوتدر جایگاه A بین TRNA و MRNA
    تشکیل اشتراکیبین دو نوکلئوتید با قند ریبوزدر جایگاه A – بین دو آمینواسید

    مقایسه پایان رونویسی و ترجمه

    وضعیت پیوندپایان رونویسیپایان شدن ترجمه
    شکست هیدروژنیبین دو نوکلئوتید با قند دئوکسی‌ریبوز- بین دو نوکلئوتید با قند متفاوتدر جایگاه P – بین دو نوکلئوتید با قند ریبوز
    شکست اشتراکیپیوند بین فسفات نوکلئوتید با قند ریبوزدر جایگاه P – بین نوکلئوتید و آمینواسید
    تشکیل هیدروژنیبین دو نوکلئوتید با قند دئوکسی‌ریبوز – بین دو نوکلئوتید با قند متفاوتندارد
    تشکیل اشتراکیبین دو نوکلئوتید با قند ریبوزندارد

    مقایسه سلول‌های مختلف در همانندسازی، رونویسی و ترجمه

    نوع سلولهمانندسازیرونویسیترجمه
    سلول‌هایی که مرحله S را رد کرده‌انددارددارددارد
    سلول‌هایی که در G0 هستندندارددارددارد
    گلبول قرمزنداردندارددارد

    کدون‌‌بازی

    کدونی که به A و P می‌رود ولی به E نمی‌رود: کدون قبل از پایان

    کدونی که به P و E می‌رود ولی وارد A نمی‌شود: کدون آغاز

    کدونی که به A وارد می‌شود و به T و E نه: کدون پایان

    توالی سه نوکلئوتیدی از mRNA که به E می‌رود ولی به A و P نه: توالی سه نوکلئوتیدی قبل از کدون آغاز

    جایگاه‌بازی

    تنها جایگاهی که تشکیل پیوند پپتیدی در آن صورت می‌گیرد: A

    جایگاهی که بیشترین TRNA بدون آمینواسید در آن دیده می‌شود: P

    جایگاهی که در آن TRNA بدون آمینواسید دیده نمی‌شود: A

    جایگاهی که خروج TRNA در آن در دیده می‌شود: هر سه جایگاه

    در جایگاه A زمانی که TRNA جدا می‌شود آمینواسید به آن اتصال دارد. این موضوع در مورد دو آمینواسید دیگر درست نیست.

    جایگاهی که هرگز شکست هیدروژنی در آن دیده نمی‌شود: A

    جایگاهی که دو نوع رشته پپتیدی می‌تواند در آن دیده شود: A

    تعدادبازی

    جایگاهی که بیشترین کدون قابل ترجمه به آن وارد می‌شود: P

    تعداد کدون قابل ترجمه‌ای که به جایگاه A وارد می‌شود با همین تعداد در جایگاه E برابر است.

    همواره تعداد جابه‌جایی با پیوند پپتیدی برابر است (همواره پس از تشکیل پیوند پپیتید جابه‌جایی داریم اما همواره پس از جابه‌جایی تشکیل پیوند هیدروژنی نداریم).

    جایگاهی که بیشترین TRNA در آن دیده می‌شود: A

    فقط کدون آغاز در مرحله آغاز ترجمه می‌شود. بقیه کدون‌ها در مرحله طویل شدن ترجمه می‌شوند.

    تنها در مرحله طویل شدن سنتز آبددهی رخ می‌دهد.

    می‌توان در حین ترجمه پیوند یونی هم در رشته پلی پپتیدی مشاهده کرد.

    محصول ترجمه پلی پپتید است، اما لزوما پروتئين نیست.

    هر پروتئین درون واکوئل لزوما ساخته شده توسط شبکه آندوپلاسمی زبر نیست.

    ریبوزوم با زیرواحد بزرگ خود به شبکه آندوپلاسمی زبر متصل می‌شود.

    پلی پپتید با سر آمین آزاد خود وارد شبکه آندوپلاسمی زبر می‌شود.

    بخش فرورفته دستگاه گلژی به سمت غشا نیست.

  • رونویسی – گفتار اول جریان اطلاعات در سلول

    در افراد دارای کم خونی داسی‌شکل عمر گلبول قرمز کمتر است.
    در این افراد ترشح اریتروپویتین بالاتر است و در نتیجه همانندسازی در مغز استخوان بیشتر انجام می‌شود.
    مصرف فولیک اسید و B۱۲ در مغز استخوان بیشتر می‌شود.

    ششمین آمینواسید در زنجیره‌ی بتای افراد دارای کم‌خونی داسی شکل به جای گلوتامیک اسید والین است.

    در یک سلول ۶۱ کدون برای تولید پروتئین و ۳ کدون پایان وجود دارد.

    کدون شروع همواره AUG است که آمینواسید متیونین جای آن می‌نشیند.

    رنا از روی بخشی از یک رشته ساخته می‌شود.

    ریبوزوم‌ها درون هسته حضور ندارند.

    به ساخته شدن دنا از روی رنا رونویسی معکوس گفته می‌شود.

    بیشترین رونویسی و ترجمه در G2 رخ می‌دهد.

    رنابسپاراز به دو رشته متصل می‌شود.

    در هسته سه نوع دنابسپاراز وجود دارد. در میتوکندری هم نوعی دنابسپاراز وجود دارد.

    تنوع رنابسپاراز در یوکاریوت‌ها بیشتر است، اما تنوع محصول رنابسپاراز در پروکاریوت‌ها بیشتر است.

    رنابسپاراز یک به طور مستقیم آنزیم تولید می‌کند.

    رنابسپاراز سیتوپلاسمی کار هر سه رنابسپاراز را انجام می‌دهد.

    متنوع‌ترین رنا MRNA است.

    رنابسپاراز دو و سه می‌توانند رناهای دیگری هم تولید کنند.

    جنس راه انداز دنایی‌ست.

    در یوکاریوت‌ها عوامل رونویسی به رنابسپاراز کمک می‌کند تا راه انداز را شناسایی کند و در پروکاریوت‌ها وجود ندارد.

    اتصال عوامل رونویسی به راه‌انداز قبل از شروع رونویسی‌ست.

    به اولین نوکلئوتیدی که دنابسپاراز روبه‌روی آن نوکلئوتید می‌گذارد جایگاه آغاز رونویسی نام دارد. درواقع جایگاه آغاز رونویسی یک نوکلئوتید است. پس راه انداز جایگاه آغاز رونویسی نیست.

    دنابسپاراز یک نوع آنزیم است اما رنابسپارازها انواعی از آنزیم‌ها هستند.

    دو رشته دنا را رنابسپاراز باز می‌کند و توانایی شکستن پیوند هیدروژنی را دارد.

    رنابسپاراز و هلیکاز به دو رشته دنا متصل می‌شوند اما دنابسپاراز به یک رشته متصل می‌شود.

    حرکت رنابسپاراز همواره یک جهته است.

    تک فسفاته کردن نوکلئوتید واکنشی‌ست که توسط انواع آنزیم‌ها انجام می‌شود مثل رنابسپاراز و دنابسپاراز.

    ATP زمانی که در ساختار رنا قرار می‌گیرد مستقیما به AMP تبدیل می‌شود.

    بعد از قرار گرفتن نوکلئوتید اول در جایگاه شروع رونویسی هیچ پیوند فسفودی‌استری تشکیل نمی‌شود.

    لزوما هر جفت نوکلئوتیدی که پیوند هیدروژنی آن توسط رنابسپاراز شکسته می‌شود مقابل آن نوکلئوتید گذاشته نمی‌شود.

    راه‌انداز رونویسی نمی‌شود اما در همانندسازی شرکت می‌کند.

    در مرحله آغاز رنابسپاراز به دنا می‌چسبد، دو رشته را باز می‌کند و یک زنجیره کوچک می‌سازد.

    با جدا شدن بخشی از رنا از دنا ما وارد مرحله بعدی می‌شویم. درواقع در مرحله آغاز رنا از دنا جدا نمی‌شود.

    در مرحله طویل شدن اتفاقات در سه محل بررسی می‌شود:

    در پشت رنابسپاراز پیوند هیدروژنی بین ریبوز و دئوکسی شکسته می‌شود و بین دئوکسی و دئوکسی پیوند برقرار می‌شود.
    در جلوی رنابسپاراز پیوند هیدروژنی بین دئوکسی و دئوکسی شکسته می‌شود.
    در نقطه‌ای که دنابسپاراز قرار دارد پیوند فسفودی‌استر بین ریبوز و ریبوز تشکیل می‌شود. همچنین پیوند اشتراکی بین فسفات‌های ریبوز شکسته می‌شود. در این محل تشکیل هیدروژنی بین ریبوز و دئوکسی ریبوز هم دیده می‌شود.

    بیشترین‌ها (مثل بیشترین تشکیل فسفودی‌استر) در مرحله طویل شدن رخ می‌دهد البته استثنائاتی هم دیده می‌شود. مثلا بیشترین تعداد نوکلئوتید دنا در مرحله پایان دیده می‌شود.

    در هر سه مرحله رونویسی حرکت رنابسپاراز دیده می‌شود.

    در مرحله رونویسی می‌توان حرکت رنابسپاراز را بدون فعالیت بسپاراز مشاهده کرد.

    به محض رسیدن به اولین نوکلئوتید توالی رونویسی مرحله پایان شروع می‌شود.

    وقتی آخرین نوکلئوتید گذاشته شد ابتدا رنا می‌شود و سپس رنابسپاراز.

    در رونویسی اولین پیوند تشکیل شده و آخرین پیوند تشکیل شده یکسان (هیدروژنی) هستند.

    در مرحله آغاز رنا فقط درون حباب دیده می‌شود.

    در باکتری ژنی وجود دارد که توالی آغاز دارد و توالی پایان ندارد.

    در باکتری ژنی وجود دارد که نه توالی آغاز دارد و نه توالی پایان.

    در باکتری ژنی وجود دارد که فقط توالی پایان دارد.

    در یوکاریوت‌ها:

    اگر بین دو ژن یک راه انداز وجود داشته باشد همانندسازی هم جهت است.

    اگر بین دو ژن یک توالی پایان باشد همانندسازی هم جهت است.

    اگر بین دو ژن متوالی دو راه انداز باشد همانندسازی خلاف جهت است و رنابسپارازها از هم دور می‌شود.

    اگربین دو ژن متوالی توالی پایان دیده نشود در یوکاریوت‌ها مانند عبارت قبلی عمل می‌کنیم. اما توجه کنید که در پروکاریوت‌ها قضیه می‌تواند مانند یوکاریوت‌ها باشد یا اینکه پای قضیه‌ی اپران وسط باشد. در قضیه اپران بین دو ژن توالی پایان دیده نمی‌شود و رونویسی هم‌جهت است.

    اگر بین دو ژن متوالی دو توالی پایان دیده می‌شود همانندسازی مخالف هم است و رنابسپارازها به هم نزدیک می‌شوند.

    اگر بین دو ژن متوالی راه انداز دیده نمی‌شود قضیه می‌تواند مثل عبارت قبلی باشد. اما توجه کنید استثنایی مانند اپران وجود دارد.

    پروتئین‌سازی هموگلوبین در دوران جنینی انجام می‌شود.

    سلول در جی یک باید رشد زیادی را تجربه کند و ساخت درRRNA در این مدت بسیار زیاد است.

    رنا پس از ساخته شدن تغییراتی انجام می‌دهد. یکی از این تغییرات پیرایش است. پیرایش در باکتری وجود ندارد.

    رنای پیک ممکن است حین رونویسی تغییر کند. پس از رونویسی هم ممکن است تغییراتی در رنای پیک ایجاد شود. یکی از این تغییرات پیرایش است.

    MRNAای که از منافذ غشا عبور می‌کند حتما پیرایش شده است.

    دو سر MRNA همواره اگزون است. تعداد اگزون‌ها از اینترون‌ها بیشتر است.

    در پیرایش تشکیل فسفودی‌استر از شکستن آن کمتر است.

    همواره تعداد نوکلئوتید رنا از ژن سازنده آن کمتر است. دقت کنید ژن دو رشته‌ای‌ست.

  • پروتئین‌ها – گفتار سوم پروتئین‌های اطلاعاتی

    آمینواسیدهای مختلف در گروه Rشان متفاوت هستند.

    ویژگی‌های منحصربه‌فرد هر آمینواسید به گروه R بستگی دارد. دقت کنید همه‌ی ویژگی‌های آمینواسیدها به گروه R بستگی ندارد. آمینواسید ویژگی‌های اسیدی و آمینی هم دارد که به گروه اسید و آمین وابسته است.

    در ساختار پروتئین‌ها حداکثر بیست نوع آمینواسید می‌توان دید.

    نوع، ترتیب و تعداد آمینواسیدها در پروتئین‌ها عمل آن‌ها را تعیین می‌کند.

    هر آمینواسید می‌تواند در شکل‌دهی پروتئین موثر باشد و تاثیر آن به ماهیت گروه R بستگی دارد.

    شکل پروتئین‌ها عمل آن‌ها را مشخص می‌کند.

    تنها آنزیم غیرپروتئینی بدن rRNA است.

    رشته‌های پروتئینی همواره خطی و بدون انشعاب هستند.

    آمینواسید شماره یک از انتهای آمینی شروع می‌شود.

    آمینو اسید اول و آمینواسید آخر در یک پیوند پپتیدی شرکت می‌کنند. بقیه آمینواسیدها دو پیوند پپتیدی می‌دهند.

    هر تغییری PH منجر به تغییر شکل پروتئين نمی‌شود.

    تغییر در پیوندهای پروتئين‌ها می‌تواند منجر به تغییر شکل آن بشود.

    اولین پروتئينی که ساختار آن مشخص شد میوگلوبین بود. دقت کنید میوگلوبین اولین پروتئين شناسایی شده نبود.

    در سطح اولین همه‌ی آمینواسیدها در پیوندهای پپتیدی شرکت می‌کنند.

    در سطح دوم بعضی از آمینواسیدها در پیوند هیدروژنی شرکت می‌کنند. این پیوند بین گروه هیدروژن یکی از آمین‌ها و اکسیژن برقرار می‌شود.

    در سطح دوم پروتئين‌ها چهار شکل وجود دارد:

    ۱-فقط مارپیچی
    ۲-فقط صفحه‌ای
    ۳-مارپیچی و صفحه‌ای
    ۴-ساختارهای دیگر که کتاب درسی در مورد آن‌ها نمی‌گوید.

    آمینواسیدها براساس گروه R به آمینواسیدهای آب‌دوست و آب‌گریز تقسیم می‌شوند. این موضوع مبنای تشکیل ساختار سوم است که در آن پروتئين‌ها ساختار مچاله و نامتقارن به خود می‌گیرند.

    تا خوردگی پروتئین از سطح دو آغاز می‌شود. تا خوردگی بیشتر در سطح سوم وجود دارد.

    علت تشکیل ساختار اول پیوندهای پپتیدی‌ست. علت تشکیل ساختار دوم پیوند‌های هیدروژنی‌ست. علت تشکیل ساختار سوم برهمکنش‌های آبگریز است. در ساختار سوم پیوندهای هیدروژنی، اشتراکی و یونی هم تشکیل می‌شود که به خاطر تثبیت ساختار سوم است.

    در سطح یک فقط پیوند پپتیدی دیده نمی‌شود. در سطح یک پیوند‌های درون هر آمینواسید هم دیده می‌شود. دقت کنید بین دیده شدن و تشکیل شدن تفاوت وجود دارد. در سطح یک تنها پیوند پپتیدی تشکیل می‌شود، اما پیوندهای دیگری هم وجود دارند.

    میوگلوبین نمونه‌ای از یک پروتئین با ساختار سوم است.

    زیرواحد آلفا و بتای هموگلوبین هرکدام به تنهایی ساختار سوم را دارند. این زیرواحدها در سطح دوم به شکل مارپیچ درآمده‌اند.

    در ساختار مارپیچ پیوند هیدروژنی بیشتری برقرار می‌شود.

    در ساختار مارپیچ مولکول‌های R خارج از مارپیچ قرار می‌گیرند.

    همه‌ی آنزیم‌های ترشحی برهمکنش آب‌گریز دارند.

    در سطح یک، دو و سه فقط یک آمین آزاد دیده می‌شود.

    شروع تشکیل مرحله اول بر شروع تشکیل مرحله دوم مقدم است. همچنین ایجاد مرحله دوم زودتر از ایجاد مرحله سوم رخ می‌دهد، اما دقت کنید که شروع مرحله دوم می‌تواند قبل از اتمام تشکیل مرحله اول شروع شود. اما تشکیل سطح چهارم نمی‌تواند همزمان با مراحل یک، دو یا سه رخ بدهد.

    در مرحله یک پیوند هیدروژنی وجود ندارد.

    اکتین و میوزین در انقباض هر سه نوع ماهیچه دخیل هستند.

    واکنش‌های شیمیایی در صورتی انجام می‌شود که انرژی اولیه کافی برای انجام آزمایش فراهم باشد.

    آنزیم‌ها امکان برخورد مناسب مولکول‌ها را افزایش و انرژی فعالسازی را کاهش می‌دهد.

    آنزیم‌های بدن نمی‌توانند سرعت همه‌ی واکنش‌ها را زیاد کند.

    بدون حضور آنزیم در دمای بدن سوخت و ساز سلول‌ها بسیار کند انجام می‌شود (نه اینکه اصلا انجام نشود).

    چند نکته در مورد آنزیم‌ها:

    آیا هر آنزیمی که در سلول وجود دارد توسط آن سلول ساخته شده است؟ نه. مثلا آنزیم‌های القای مرگ برنامه‌ریزی می‌تواند توسط یک سلول دیگر وارد شده باشد.

    آیا هر آنزیمی درون سلول ساخته می‌شود؟ نه. مثلا پپسین درون معده ساخته می‌شود.

    آنزیم‌های اسپرم در بدن مرد ساخته می‌شود و در بدن زن فعالیت می‌کند.

    برای ورود آنزیم‌ها (یا پروتئین‌های درشت) الزاما از درون‌بری استفاده نمی‌شود. مثلا آنزیم مرگ برنامه‌ریزی شده توسط سلول کشنده طبیعی از طریق سوراخی که پرفورین ایجاد می‌کند وارد سلول می‌شود.

    rRNA هم آزیم است و انرژی فعالسازی را کاهش می‌دهد. همه‌ی آنزیم‌ها انرژی فعالسازی را کاهش می‌دهند.

    آنزیم‌ها در ساختار خود جایگاه فعال دارند که اختصاصی عمل می‌کنند. فقط مولکول‌هایی می‌توانند در جایگاه فعال بنشینند که با آن مکمل (نه مشابه) باشند.

    بعضی (نه همه) آنزیم‌ها برای فعالیت خود به یون‌های فلزی مانند آهن و مس یا مواد آلی مثل ویتامین‌ها نیاز دارند.

    سوال: آیا هر پروتئینی که برای کار خود نیاز به اتم آهن دارد لزوما آنزیم است؟ نه. مثلا هموگلوبین در ساختار خود اتم آهن دارد.

    به مواد آلی (مثل ویتامین‌ها) که به آنزیم‌ها کمک می‌کند کوآنزیم می‌گویند. دقت کنید به مواد معدنی (مثل اتم آهن) کوفاکتور گفته می‌شود.

    در همه کوآنزیم‌ها اتم کربن وجود دارد.

    بعضی از مواد سمی می‌تواند در جایگاه فعال آنزیم قرار بگیرد و مانع فعالیت آن بشود، اما بعضی از مواد سمی پیش‌ماده آنزیم‌ها هستند. مثلا برخی آنزیم‌های کبدی می‌تواند آمونیاک را به اوره تبدیل کند. درواقع در کبد مواد سمی مصرف می‌شوند.

    آنزیم‌ها عمل اختصاصی دارند و روی یک یا چند پیش ماده خاص اثر دارند.

    آنزیم‌ها لزوما در همه واکنش‌های بدن شرکت نمی‌کنند. مثلا اولین تبدیل پپسینوژن به پپسین توسط HCL شرکت می‌کنند.

    لزوما افزایش یا کاهش PH روی عملکرد پروتئين موثر نیست. چیزی که عملکرد پروتئين را مختل می‌کند تغییر PH در حدی‌ست که از PH بهینه خارج شود.

    دنابسپاراز در بیضه در دمای ۳۴ درجه فعالیت می‌کند. همین آنزیم در دیگر قسمت‌های بدن در دمای ۳۷ درجه فعالیت می‌کند.

    بیشترین فعالیت آنزیم با بهترین فعالیت آنزیم متفاوت است. بهترین فعالیت در دمای بهینه انجام می‌شود. بیشترین فعالیت در یک گستره دمایی خاص انجام می‌شود.

    آنزیم‌ها در دمای بالاتر غیرفعال می‌شوند که این غیرفعال شدن دائمی و برگشت‌پذیر است. در دمای پایین‌تر هم آنزیم‌ها غیرفعال می‌شوند، منتهی این غیرفعال شدن برگشت‌پذیر است.

  • همانند سازی دنا – گفتار دوم مولکول‌های اطلاعاتی

    گزاره استنباطی مزلسون و استال

    در طرح نیمه حفاظتی و غیرحفاظتی ما تشکیل پیوند هیدروژنی بین نوکلئوتیدهای جدید و قدیمی را داریم.

    در طرح نیمه حفاظتی ما بین رشته قدیم و رشته جدید پیوند هیدروژنی داریم.

    در طرح نیمه حفاظتی شکستن پیوند فسفودی‌استر قطعا دیده می‌شود.

    در آزمایش مزلسون و استال با گذشت هر دور همانندسازی ضخامت نوار بالایی بیشتر می‌شود.

    در همانند‌سازی نوکلئوتید ساخته نمی‌شود. ما در طی همانندسازی یک رشته DNA جدید خلق می‌کنیم.

    هلیکاز نقاط شروع همانندسازی را شناسایی می‌کند، مارپیچ DNA را باز می‌کند و سپس دو رشته را از هم جدا می‌کند.

    در هر حباب همانندسازی بیش از شش آنزیم دیده می‌شود.

    هلیکاز برای شروع فعالیت خود به دو رشته DNA متصل می‌شود. اما DNAپلیمراز برای شروع کار خود به یک رشته متصل می‌شود.

    دنابسپاراز توانایی شکستن پیوند فسفات را دارد. توانایی تشکیل پیوند کوالانسی بین نوکلئوتیدها را هم دارد. دنابسپاراز توانایی شکستن پیوند فسفودی‌استر بین نوکلئوتیدها را هم دارد (در فرایند ویرایش).

    هلیکاز همواره در یک جهت کار می‌کند. دنابسپاراز معمولا در یک جهت فعالیت می‌کند، اما در فرایند ویرایش توانایی برگشت هم دارد.

    اشتباه اصلاح نشده دنابسپاراز جهش نام دارد. این اشتباه در نقطه وارسی G1 بررسی می‌شود.

    تشکیل پیوند هیدروژنی بر تشکیل پیوند فسفودی‌استر مقدم است، اما در زمانی که دنابسپاراز اشتباه می‌کند پیوند هیدروژنی بین نوکلئوتیدهای متقابل تشکیل نمی‌شود و تشکیل پیوند فسفودی‌استر بر پیوند هیدروژنی مقدم است (در درستی این گفته شک دارم).

    امکان خطا در دنابسپاراز را وسیع درنظر بگیرید. یعنی روبه‌روی نوکلئوتید A همه‌ی انواع نوکلئوتیدها حتی خود A هم قرار می‌گیرد.

    برگشتن دنابسپاراز بعد از ایجاد هر پیوند فسفودی‌استر رخ می‌دهد. حالا این برگشتن و بررسی ممکن است به تغییر نوکلئوتید منجر شود.

    قبل از همانندسازی دنا چند کار انجام می‌شود :

    ۱-پیچ و تاپ فامینه باز می‌شود (پیچ و تاب فامینه از مارپیچ دنا متفاوت است).
    ۲-پروتئین‌های همراه DNA جدا می‌شود (هیستون مهم‌ترین پروتئین همراه DNA است).

    دو کار بالا توسط آنزیم‌هایی انجام می‌شود:

    الف-این آنزیم‌ها بیشتر از یکی هستند.
    ب-هلیکاز و دنابسپاراز جز این آنزیم‌ها نیستند.

    در همانندسازی DNA هم پروتئین‌های همراه DNA جدا می‌شود اما به یک موضوع توجه کنید:

    جدا شدن هیستون‌ها در DNA خطی دیده می‌شود و در DNA حلقوی اصلا هیستون وجود ندارد.

    حالا همانندسازی شروع می‌شود:

    DNA خطی قطعا چند جایگاهی و قطعا دو جهته است. در DNAهای خطی همواره تعداد جایگاه پایان بیشتر از جایگاه آغاز است.

    همانندسازی در DNA حلقوی چهار حالت دارد:

    ۱-یک جایگاه همانندسازی و یک جهته.
    ۲-یک جایگاه همانندسازی و دو جهته.
    ۳-چند جایگاه همانندسازی و یک جهته.
    ۴-چند جایگاه همانندسازی و دو جهته.

    در تمام حالت‌های همانندسازی DNA حلقوی تعداد جایگاه آغاز و تعداد جایگاه پایان با هم برابر است.

    نکته: سلول‌هایی که در G0 قرار دارند اصلا جایگاه آغاز و پایان تشکیل نمی‌دهند.

    اگر دنابسپاراز در سیتوپلاسم فعالیت کند تعداد نوکلئوتید‌های داخل هسته تغییر نمی‌کند.

    در حباب همانندسازی نوکلئوتید با باز آلی U دیده می‌شود، اما استفاده نمی‌شود.

    در حباب همانندسازی دو نوع پیوند هیدروژنی دیده می‌شود:

    ۱-پیوند هیدروژنی بین رشته قدیم و رشته جدید
    ۲-پیوند هیدروژنی بین رشته‌های قدیمی

    هلیکاز پیوند هیدروژنی از نوع دوم را می‌شکند و به نوع اول کاری ‌ندارد.

    باکتری یک DNA حلقوی متصل به غشا دارد، اما ممکن است این DNA تنها DNA باکتری نباشد. معمولا باکتری‌ها DNAهای کمکی به نام پلازمید دارند. این DNAها می‌تواند یکی یا بسیار بیشتر باشد.

    ژن مقاومت به آنتی‌بیوتیک روی DNA اصلی باکتری قرار ندارد.

    در باکتری حین همانندسازی می‌توان DNA خطی را در باکتری دید.

    در یوکاریوت‌ها دنا در هر فام‌تن به صورت خطی‌ست. پس به DNA حلقوی میتوکندری و پلاست‌ها فام‌تن نمی‌گوییم.

    فقط در یوکاریوت و در DNA خطی یوکاریوت تعداد جایگاه آغاز همانندسازی بسته به مراحل رشد و نمو تغییر می‌کند.

    تعداد جایگاه‌های آغاز همانندسازی در باکتری می‌تواند تغییر کند. درواقع با افزایش پلازمیدها جایگاه‌های آغاز همانندسازی در باکتری افزایش پیدا می‌کند، اما همچنان تعداد جایگاه آغاز در DNA اصلی بدون تغییر مانده است.

    تعداد جایگاه آغاز در سلول‌هایی که سرعت تقسیم بیشتری دارند (مثل سلول‌های مغز استخوان) می‌تواند از بقیه سلول‌ها بیشتر باشد.

    تعداد جایگاه همانندسازی در کروموزوم‌های مختلف یک سلول هم متفاوت است. مثلا اندازه کروموزوم شماره یک و ایگرگ در مردان را با هم مقایسه کنید. فکر می‌کنید جایگاه همانندسازی کدام بیشتر است؟

    سرعت همانندسازی در جایگاه‌های مختلف یک دنا هم می‌تواند متفاوت باشد.

    در جاهایی از دنا که نوکلئوتید C و G بیشتری وجود دارد سرعت هلیکاز کمتر و مصرف انرژی بیشتر است.

  • نوکلئیک اسیدها – گفتار اول مولکول های اطلاعاتی

    چند نکته اولیه:

    کتاب درسی مقدمه‌ای آورده که بررسی آن می‌تواند یک یادآوری خوب از گذشته باشد.

    هر یک از سلول‌های بدن ما ویژگی‌هایی مانند شکل و اندازه دارد. این ویژگی‌ها تحت فرمان هسته است.

    ویژگی‌هایی مانند شکل و اندازه تحت فرمان کروموزوم‌ها هستند. با کروموزوم‌ها در سال یازدهم آشنا شدیم.

    کروموزوم‌ها می‌توانند در هسته حضور داشته باشند یا در سیتوپلاسم و متصل به غشا باشند. در جانداران یوکاریوتی مثل انسان‌ها کروموزوم در هسته حضور دارد و در بعضی از جانداران مثل پروکایوت‌ها کروموزوم‌ها در هسته نیستند چون هسته وجود ندارد.

    علاوه بر سلول‌های پروکاریوتی‌ برخی از سلول‌های یوکاریوتی هم می‌توانند بدون هسته باشند، مانند گلبول‌های قرمز.

    دستورالعمل‌های هسته در حین تقسیم از سلولی به سلول دیگر و در حین تولید مثل از نسلی به نسل دیگر منتقل می‌شود.

    بد نیست یک بار دیگر مرور کنیم: همه‌ی سلول‌های بدن ما هسته‌دار نیستند.

    سال گذشته با فرایند تقسیم آشنا شدیم و می‌دانیم همه‌ی سلول‌های بدن تقسیم نمی‌شوند. گلبول‌های قرمز، اسپرم‌ها و یا سلول‌های پادتن‌ساز در قرار دارند و تقسیم نمی‌شوند.

    سلول‌ها، هسته‌دار یا بدون هسته اگر فرایند تقسیم را انجام بدهند دستورالعمل‌های خود را به سلول بعد منتقل می‌کنند. به جز تقسیم، مفهوم دیگر هم به نام تولید مثل وجود دارد. اگر تولید مثل انجام شود DNA به نسل بعد منتقل می‌شود.

    همه‌ی جانداران تولید مثل انجام نمی‌دهند. مثلا برخی از زنبورهای عسل با اینکه جاندار و موجود زنده محسوب می‌شوند اما تولید مثل انجام نمی‌دهند.

    آزمایش گریفیت

    باکتری کپسول‌دار سلول را آلوده و بیمار می‌کند. باکتری بدون کپسول‌دار سلول را آلوده می‌کند، اما منجر به بیماری نمی‌شود.

    در هر چهار مرحله به دلیل تزریق از ماستوسیت‌های آسیب دیده هیستامین رها شده و موجب التهاب می‌شود.

    در هر چهار مرحله آزمایش گریفیت ما ترشح پادتن را داریم.

    در مرحله یک و چهار باکتری کپسول می‌سازد.

    گریفیت نمی‌دانست DNA چیست یا چطور منتقل می‌شود، اما یک نتیجه بسیار مهم گرفت: ماده وراثتی می‌تواند انتقال یابد.

    از آزمایش گریفیت می‌توان نتیجه گرفت که DNA و پوشینه برخلاف غشای سلول نسبت به گرما مقاوم است.

    همه باکتری‌های بدون کپسول، کپسول‌دار نمی‌شوند. فقط برخی از آن‌ها این ویژگی را کسب می‌کنند.

    باکتری نومونیای بدون پوشینه و پوشینه دار از یک گونه هستند. این یعنی با انتقال ژن از باکتری پوشینه‌دار به باکتری بدون پوشینه جاندار تراژن تولید نمی‌شود.

    عامل آنفولانزا ویروس است و عامل سینه پهلو میکروب.

    گریفیت روی موش و باکتری آزمایش کرد. موش یک جانور است و باکتری یک جاندار.

    آزمایش ایوری

    ایوری در مرحله اول و آخر از آنزیم استفاده کرد اما در مرحله دوم خبری از آنزیم نبود.

    ایوری در مرحله اول فقط از یک آنزیم استفاده کرد، اما در مرحله آخر از انواعی از آنزیم‌ها استفاده کرد.

    در مرحله دو و سه عصاره به چند قسمت تقسیم شد. این تقسیم شدن در مرحله دو بر اساس چگالی و در مرحله آخر صرفا به بخش‌های مختلفی تقسیم شد.

    ایوری روی باکتری آزمایش کرد که یک جاندار است نه یک جانور.

    در آزمایش اول ایوری عصاره باکتری را به داخل لوله آزمایش می‌ریزد و پروتئين‌های داخل آن را تجزیه می‌کند. چند نکته در رابطه با این موضوع وجود دارد:
    -اولا خود آنزیم نوعی پروتئين است. درست است که در لوله آزمایش دیگر پروتئين عصاره باکتری دیده نمی‌شود، اما آنزیم وجود دارد که خود نوعی پروتئین است.
    -حاصل تجزیه پروتئين‌ها آمینواسید است. پس بعد از تجزیه پروتئين در لوله آزمایش آمینواسید دیده می‌شود.

    در آزمایش آخر مرحله‌ای وجود دارد که ایوری به کمک آنزیم کربوهیدرات‌ها را تجزیه می‌کند. دقت کنید با اینکه کربوهیدرات‌ها همگی تجزیه می‌شوند اما همچنان درون دنا، رنا و نوکلئیک‌اسید‌های سلول کربوهیدرات وجود دارد.

    در مرحله دوم آزمایش ایوری هر کدام از مولکول‌های زیستی به تنهایی وارد محیط کشت می‌شوند.

    نوکلئیک اسیدها

    نوکلئوتیدها از چند چیز تشکیل شده‌اند:

    ۱-قند که در RNA ریبوز و در DNA داکسی ریبوز است.
    ۲-فسفات. نوکلئوتیدهایی که در سلول آزاد هستند سه فسفات دارند و نوکلئوتید‌هایی که در زنجیره می‌نشینند یک فسفات دارند.
    ۳-باز آلی نیتروژن‌دار که چهار مدل است؛ A،T،C،G. بعدها مشخص شد که در RNAها به جای باز آلی T باز آلی U وجود دارد. دقت کنید که در DNA باز آلی U وجود ندارد.

    نوکلئوتیدها بر اساس حلقه باز آلی دو دسته هستند: پورین و پیریمیدین.

    باز آلی نوکلئوتیدهای A و G دو حلقه‌ای است. درواقع «آق (AG) پورین دو حلقه دارد».

    باز آلی نوکلئوتیدهای T و C و U تک حلقه‌ای است که به آن‌ها پیریمیدین می‌گویند.

    گروه فسفات با پیوند اشتراکی (کووالانسی) به قند پنج کربنه متصل شده است. باز آلی نیتروژن‌دار هم با پیوند اشتراکی به قند پنج کربنه وصل شده است. دقت کنید گروه فسفات و باز آلی نیتروژن‌دار با هم پیوند ندارند.

    در نوکلئوتیدهای پورینی قند پنج کربنه به پنج ضلعی باز آلی متصل شده (این نوکلئوتیدها بازها دو حلقه‌ای هستند).

    در نوکلئوتیدهای پیریمیدینی قند به باز آلی شش ضلعی متصل است (باز آلی در این نوکلئوتیدها تک حلقه‌ای‌ست).

    قند در نوکلئوتیدها پنج کربنه است، اما حلقه‌ی این قند چهار کربن دارد. یکی از کربن‌های این نوکلئوتید در خارج از حلقه قرار دارد.

    ATP نوعی نوکلئوتید با باز آلی آدنین و قند ریبوز است. این مولکول نه در ساخت DNA شرکت می‌کند و نه در ساخت RNA.

    ما در هر نوکلئوتید حلقه شش ضلعی می‌بینیم و صد در صد در هر نوکلئوتید فقط یک حلقه شش ضلعی می‌بینیم.

    به فاصله قند تا قند پیوند فسفودی‌استر می‌گویند.

    در نوکلئوتیدها پیوند فسفودی‌استر دیده نمی‌شود، اما آن‌ها مانند رناها و دناها پیوند قند فسفات دارند.

    بین RNAها و DNAها هیچ نوکلئوتید مشترکی وجود ندارد.

    یک سر رنا فسفات دارد و سر دیگر هیدروکسیل‌دار است.

    مولکول دنا دو سر یکسان دارد. اما هر رشته‌ی دنا دو سر متفاوت دارد.

    جهت‌گیری قند‌ها در دو رشته یک دنا ناهمسو است.

    رنای حلقوی در میتوکندری در مجاورت ریبوزوم‌ها قرار می‌گیرد.

    اگر نوکلئیک اسید فرضی فقط دارای باز پورین یا فقط دارای باز پیریمیدین باشد آن نوکلئيک اسید فقط از جنس RNA است.

    آزمایش چارگاف

    چارگاف متوجه شد که تعداد نوکلئوتیدهایی که دارای باز آلی A هستند با نوکلئوتیدهایی که دارای باز آلی C هستند برابر است. این موضوع در مورد باز C و G هم صادق است.

    چارگاف متوجه نشد که نوکلئوتیدها مقابل هم می‌نشینند. او حرفی از بازهای مکمل نزد. او صرفا متوجه شد چه نوکلئوتیدهایی در سلول با هم برابر هستند.

    در یک مولکول DNA تعداد نوکلئوتیدهای پورینی و پیریمیدینی با هم برابر است. یعنی در یک مولکول DNA (نه در یک رشته) نصف تعداد نوکلئوتیدها پورینی و نصف دیگر پیریمیدینی هستند.

    ویلکینز و فرانکلین

    اولین کسانی که مشخص کردند DNA مارپیچی‌ست ویلکینز و فرانکلین بودند، اما واتسون کریک اولین کسانی بودند که متوجه شدند DNA دورشته‌ای‌ست.

    واتسون و کریک

    واتسون و کریک مشخص کردند که مارپیچ DNA دو رشته‌ای‌ست. آن‌ها فهمیدند که نوکلئوتیدهای C با G و نوکلئوتیدهای A با T جفت می‌شود.

    همواره در برابر یک نوکلئوتید پورینی یک نوکلئوتید پیریمیدینی می‌نشیند. این موضوع باعث می‌شود همواره در برابر یک باز یک حلقه، یک باز دو حلقه‌ای بنشیند. این کار باعث می‌شود که قطر DNA درسراسر آن ثابت بماند و همین موضوع باعث پایداری مولکول DNA می‌شود.

    مولکول DNA فرضی با بیشترین پایداری: مولکول که در آن فقط C و G وجود دارد.

    مولکول DNA فرضی با بیشترین پایداری: مولکول که در آن فقط A و T وجود دارد.

    در نومونیا کپسول با غشا در تماس نیست و دیواره باکتری مانع از تماس کپسول و غشا می‌شود.

    در DNA خطی تعداد نوکلئوتید از تعداد فسفودی‌استر بیشتر است.

    در DNA حلقوی تعداد نوکلئوتید برابر با تعداد فسفودی‌استر است.

    تعداد پیوند فسفواستر دو برابر تعداد پیوند فسفودی‌استر در DNA حقلوی است. در DNA خطی تعداد فسفواستر از فسفودی‌استر بیشتر است اما دوبرابر نیست.

    در DNA حلقوی هر قند به دو فسفات و هر فسفات به دو قند متصل است. در DNA خطی این موضوع صادق نیست، مگر اینکه میانه DNA را در نظر بگیریم.

    DNA چه حلقوی باشد چه خطی، همواره مارپیچی‌ست.

    در پله‌ها هم پیوند هیدروژنی و هم پیوند اشتراکی دیده میشود. در ستون‌ها فقط پیوند اشتراکی دیده می‌شود.

    رنا و انواع آن

    ماده وراثتی با ماده حاوی اطلاعات وراثتی متفاوت است. ماده وراثتی همان DNA است. ماده حاوی اطلاعات وراثتی می‌تواند DNA یا RNA باشد.

    اگر در مورد نوکلئیک اسیدها سوال شد منظور هم DNA است و هم RNA.

    اگر در مورد نوکلئیک اسید خطی سوال شد هم DNA خطی‌ست و هم بیشتر RNAها.

    ما نوکلئيک اسید خطی در باکتری داریم، اما DNA خطی در باکتری وجود ندارد.

    RNA می‌تواند مارپیچی یا خطی باشد.

    در ساختار RNAهایی مانند TRNA می‌توان پیوند هیدروژنی را دید.

    در جریان تقسیم هم DNA و RNA به نسل بعد منتقل می‌شود.

    ژن چیست؟

    نوکلئوتیدها و واکنش‌های سوخت و سازی بدن